En la quinta fecha enfrentaron a Argentina en el Estadio Nacional y Matías empezó de titular en el primer partido de la Era Pizzi, desafortunadamente Fernández solo alcanzó a estar 6 minutos en cancha, ya que al 3′ recibió una dura entrada de Marcos Rojo que lo dejó en el piso algunos minutos, saliendo por Francisco Silva en un duelo que Chile perdió 1-2. Regresó para la octava fecha en el duelo contra Bolivia en el Estadio Monumental, Matías empezó como alternativa e ingresó al minuto 53 por Rodrigo Millar siendo ovacionado por su pasado en Colo-Colo, y al igual que en el duelo contra Argentina y a pesar de impulsar al equipo nacional a un ataque más ofensivo, solo alcanzó a jugar 11 minutos ya que se resintió de su lesión en la rodilla, saliendo al 64′ por Felipe Gutiérrez.