En la siguiente temporada, la 2012-13, el conjunto nazarí decide no renovar a Abel Resino y ficha como técnico a Juan Antonio Anquela. En la siguiente temporada, camiseta seleccion española el equipo de reserva del Bayern se clasificó para la nueva 3. Liga. En febrero de 2009, Müller firmó su primer contrato como profesional con el primer equipo, efectivo desde la temporada 2009-10, junto con su compañero Holger Badstuber, del equipo reserva.